Hallo!
Ich glaube, die Löcher im Radlauf sind kein großes Problem, wenn man drauf achtet... Kritisch wird es, wenn sich der Dreck jahrelang ungestört innen am Radlauf - z.B. an den Befestigungsmuttern der Abdeckung - sammeln kann. So dürfte es bei meinem Golf gewesen sein und nun ist der Radlauf hinter der Abdeckung halb weggerostet 🙁
Wer aber um diese Schwachstelle weiß, kann ja einfach ab und zu mal mit einem Hockdruckreiniger die Radhäuser und Radläufe abspritzen, um Schlimmeres zu verhüten.
Aber zu Deiner Frage: Silikon enthält Säuren und greift daher Blech an, damit klebst Du Dir den Rost quasi unter die Steinschlagschutzecke. Ich würde Karosseriekleber nehmen, der hält bombenfest und ist für die Anwendung auf Blech und Lack geeignet. Sollte im Zubehörhandel zu bekommen sein.

Gruß,
Jörn